以前、サブパーツ化したシンボルをシート間移動するのにschファイルを直接テキストエディタで変更してしまいましたが、ちゃんとしたやり方が分かりました。詳しい説明はEagle HELPのMOVEの後半に載っています。

移動元のシートにて対象を全てグループ化します。単体の移動ではシート間が移動できないので必ず「単品でもグループ化」します。そしてグループ移動をSHIFTキーを押しながら呼び出し、移動先のシートへ移動し、クリックで決定するとグールプで移動できます。グループ移動なのでネットのつながりも全て移動します。ボード設計への影響もありません。

※Ver.6.6.0での場合です。